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L'istituto conserva molte centinaia di migliaia di oggetti riferibili agli orizzonti più antichi della storia umana, a partire dal Paleolitico Inferiore fino alla prima età del Ferro, sia italiani sia stranieri.
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Il patrimonio etnografico comprende oltre 60.000 oggetti conservati nelle Sezioni: Culture del Mediterraneo, Africa, America, Oceania e Asia.
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Nella Soprintendenza sono conservate importanti serie scheletriche umane da orizzonti archeologici, cronologicamente distribuiti dal VI millennio a.C. fino al Medioevo.
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La Soprintendenza conserva molte collezioni faunistiche provenienti da contesti archeologici distribuiti cronologicamente dal Paleolitico al III sec. d.C. per un totale di circa 20.000 reperti di mammiferi, pesci e avifauna.
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L'Istituto è dotato di una biblioteca specializzata che dalla fondazione dell'Istituto ad oggi si è arricchita grazie ad importanti acquisti e lasciti, divenendo, con i suoi oltre 70.000 volumi, la più antica e ricca raccolta italiana di materiale bibliografico paletnologico ed etnoantropologico. Il suo progressivo incremento è assicurato da una fitta rete di scambi, del Bullettino di Paletnologia Italiana e delle altre pubblicazioni non periodiche dell'Istituto, con le più importanti istituzioni scientifiche nazionali e internazionali di archeologia e di etnoantropologia.
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Tra i patrimoni di assoluta rilevanza storico-scientifica che la Soprintendenza può annoverare, vanno ricordati l'Archivio Storico Cartaceo (circa 60.000 materiali), l'Archivio Storico Fotografico (decine di migliaia di foto e negativi) e il Centro di documentazione audiovisiva e videoteca.
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